国家公祭日的首倡者是全国政协原常委、民建江苏省委原主委赵龙。在2005年全国两会期间，赵龙草拟了一份提案，建议把每年12月13日定为国家公祭日，并由国家领导人参与公祭活动。

赵龙以全国政协常委的身份在2005年全国两会上提出了设立国家公祭日的提案。自此，关于设立国家公祭日的呼声从未间断，直到9年后，这一建议终于成为现实。

2014年2月27日，十二届全国人大常委会第七次会议决定：将每年的12月13日确立为南京大屠杀死难者国家公祭日。

2014年12月13日，中共中央总书记、国家主席、中央军委主席习近平出席首次南京大屠杀死难者国家公祭仪式。总书记深切缅怀了所有惨遭杀戮的死难同胞、为抗日战争胜利献出生命的革命先烈和民族英雄，宣示中国人民牢记历史、不忘过去，珍爱和平、开创未来的坚定立场。

2015年，公祭仪式在侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆集会广场举行，上午7时，纪念馆举行了国旗下半旗仪式。

2016年，南京大屠杀死难者国家公祭仪式在侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆举行。清晨7时，纪念馆举行了国旗下半旗仪式。

2017年，南京隆重举行南京大屠杀死难者国家公祭仪式。中共中央总书记、国家主席、中央军委主席习近平出席仪式。

2018年，中国在侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆集会广场举行国家公祭仪式。同时，全国首部国家公祭地方立法《南京市国家公祭保障条例》当天起正式施行。

2019年，南京隆重举行南京大屠杀死难者国家公祭仪式。中共中央政治局委员、中宣部部长黄坤明出席并讲话，82名南京市青少年代表宣读《和平宣言》，6名社会各界代表撞响“和平大钟”，3000只和平鸽展翅高飞，寄托着对死难者的深深哀思和对世界和平的向往追求。